蛋白质分离器是每个海水缸有必要要有的装备。肯定不能运用过小的机种，由于蛋白质分离器必定不会过度的过滤缸中的水。市面上大部份的机种可适用于10至20加仑（38-76公升）的缸子。蛋白质分离器的巨细，有必要跟着水族缸尺度添加而添加，惋惜的是，现在咱们并没有很好的公式来求出纷歧样的尺度缸子所需求的蛋白质分离器巨细。由于发生有机废物的生物品种与数量多寡是最大的变数﹔一般说来，高度小于１２０公分，且直径小于１０公分的蛋白质分离器只适用于小于７６公升的水族缸。并且，一切的蛋白质分离器应要发生许多奶白色的泡沫﹔若非如此，就表明此蛋白质分离器的工作不正常。市面上的机型一般可分为两种：一为逆流式蛋白质分离器，另一是涡轮式蛋白质分离器。此两种的作用都不错，但都需求花一段时间来调整，才能够做到其最佳情况。至于怎么调整，请见本文〝运用蛋白质分离器应留意的当地〞部分。此种机型需求外加鼓劲机、鼓劲石、与吊水帮浦，其所需的花费与分离器所需的型式与厂牌有关。吊水帮浦将水送入分离器内加以过滤。有些人运用地心引力把缸中流出的水导入过滤机中；或将水流体系中一部份的回流导入分离器，也有人运用沉水马达来替代吊水帮浦。要使蛋白质分离器中的过滤水柱出现奶白色，需求高功率的鼓劲机及杰出的鼓劲石。此种过滤体系最好是运用鼓劲木，由于鼓劲木所发生的气泡较为细密，但需求常换，较廉价的鼓劲木比质量较好的鼓劲木所需的替换的次数较高。鼓劲木的替换率与缸子的水质及分离器有关，一般来说，每3至4个月需替换一次。逆流式的蛋白质分离器的滤水量最好是每小时可过滤缸中的水的总量一次，其过滤作用最佳。如要进步过滤速率就需求换较大的分离器和鼓劲机。这是运用柏努利原理（液体在水平运动时压力随速度添加而减低）来推进涡轮以发生气泡的蛋白质过滤体系，此体系可省去鼓劲石和鼓劲机等设备，但需求一个功率好的高压吊水帮浦，并在水中通入很多的空气。市面上卖的过滤体系不必定有包含吊水帮浦，既使有包含吊水帮浦，其帮浦也不必定够大到可有用的工作分离器。尽管有些体系有有用运作的帮浦，但大部分市售体系的规划并没有很好。请记住，涡轮的气筏孔需求守时整理。整理的过程很简单，只需隔几天就把开口刮一刮就能够了，假如当开口被矿藏或杂质沉积堵住时则需求泡稀盐酸来铲除。